Yozgat' ın 45 km. güneydoğusunda, Yozgat- Sarıkaya İlçesi karayolu üzerinde bulunmaktadır. Alişar Höyüğü, geniş bir ovanın ortasında bulunmaktadır. Kuzey ve batısından Alişar Özü Çayı geçmektedir. Höyük, ovadan 7-8 m yüksekliğinde bir teras ile başlamakta daha üstte ise 23-24 m yüksekliğe kadar uzanan sivri tepe kısmı ile son bulmaktadır Bir çukura kurulan höyüğün eni 520 metre, boyu ise bir kilometreye yakındır. Bu höyük 1927 yılında Chicago Üniversitesi Şark Kurulu alman H.H. Wonder OSTEN başkanlığında bir heyet tarafından kazılmıştır ve kazılar 1935 yılına kadar sürdürülmüştür. Höyüğün, H.H. von der Osten ve ekibi tarafından kazı yeri olarak seçilmesinde olasılıkla Hitit bölgesi içinde olması ve birçok ticaret yolunun ortasında bulunması rol oynamıştır Ankara’nın 200km doğusunda önemli bir orta Anadolu bölgesidir. Geç kalkolitikten itibaren Osmanlı dönemine kadar iskan görmüştür.
Çok düzenli olarak yapılan kazı işi 1932 yılına kadar aralıksız devam etmiştir. Sonunda eski, doğu-batı, güney - kuzey yollarının birleştiği merkeze yakın yerde Alişar Höyük meydana çıkarılmıştır. İç Anadolu’nun kronolojisini, eski kültürlerin birbirlerine geçişlerini ve devirlerini doğruya yakın olarak ancak bu kazılardan öğrenmek mümkün olmuştur. Yapılan kazılarda kalkolitik döneme ait küplere gömülmüş iskeletler, pişmiş topraktan çanak çömleklere, mühürlere, taş ve kemik üzerine iyi işlenmiş insan ve hayvan figürlerine rastlanmıştır.
Höyüğün ilk kuruluşundaki hali (M.Ö. 3200 - 2600) dörtgen planlı, kerpiç duvarlı, düz damlı evleriyle basit bir köy görünümündedir. Bundan sonraki devirlerde şehrin iç kalesi olduğu, evlerin belirli bir plana göre yapıldığı ve bazılarında duvarların içten ve dıştan sıvandığı görülür. Bu devirde şehir surla çevrilmiştir. Mezopotamya ile kültür alış verişinin bu devirde başladığı anlaşılmaktadır.
Üçüncü devirde ise, iki sur da, yani iç kale ve dış kale kuvvetlendirilmiş, iç kalenin alanı genişletilmiştir. Bu devir, M.Ö. 2200-2000 yılları arasında olup, Hitit çağına kadar devam eder.
Dördüncü devre gelince, Alişar’ın gelişmeleri iyice seçilebilmektedir. M.Ö. 2000-1500 yılları arasında Alişar büyük bir şehir hüviyetine bürünmüştür. Eski tunç çağının tersine, Hititler alt şehri yurtlandırmışlardır, yine alt şehir eski Hitit çağını karakterlendiren büyük bir surla sağlamlaştırılmıştır. Şehir, geniş planlı kale kapıları, yeraltı yolları ve yer yer kulelerle kuvvetlendirilerek savunmalı bir hale getirilmiştir. Büyük Hitit çağında (M.Ö. 1400 - 1200) önemini kaybetmeyen höyük, yine küçük bir yerleşme alanı olmuştur.
Beşinci devirde M.Ö. 1200 - 700 yıllarında Alişar’da, Hitit - Frig Kültürü görülür. Artık bu devirden sonra alt şehir önemini kaybetmiştir. Bundan sonra şehirde ortaya çıkan eserler Frig kültürünün ağırlığını ortaya koymuştur. Bu çağda iç kale eski temelleri üzerine yeniden yapılmışsa da M.Ö. 19. yüzyıla ait olan ilk yapı katının iç kale suru bir yangınla ortadan kalkmıştır.
Frig devrinden sonra önemini iyice kaybeden Alişar; Med, Pers, Helenistik çağ, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı devirlerini yaşamışsa da bu devirlerden söz edilebilecek önemli izler yoktur.
1993 yılından itibaren, Gorny başkanlığındaki bir ekip, Alişar'da tekrar çalışmaya başlamıştır [Gorny et al. 1995]. Alişar Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından hazırlanmış tescilli arkeolojik SİT alanları listesinde yer almaktadır.
Alişar Eski Tunç Çağında etrafı surlarla çevrili yerel bir prenslik merkezidir. Kazılar sonucunda ele geçen buluntular arasında elde yapılmış monokrom ve boyalı seramiklere, bakırdan ve bronzdan yapılmış metal buluntulara, gliptiklere(mühür), ayaklı meyvalıklara, çıkıntı kollu küçük kadın figürlerine rastlanılmıştır. Ayrıca birçok idol başı ele geçmiştir (disk ve keman biçimli) bunlar yuvarlak yüzlü, özellikle burunları belirgin olarak çıkıntılı yapılmış figürlerdir. Bu başların iki tarafında birbirine yakın yerleştirilmiş minik delikler bulunmaktadır.
Alişar’da ki Eski Tunç Çağında gömü türleri küp mezarlar, toprak mezarlar, taş sanduka mezarlar şeklinde karşımıza çıkmaktadır. Gömüler intramuraldir. (bacaklar karından içe çekik) Ayrıca Truva II-V. katlardan tanıdığımız Homeros’un destanlarında adı geçen Dephas ele geçmiştir. Yeni bir seramik türüne intermediate (boyalı) seramiğe rastlanılmıştır. Bu seramik türünün Alişar seramiğinden farkı süslemede ki boşlukların fazla olmasıdır. Boya ile nakışlı süslemelerde, kırmızımsı, krem veya deve tüyü astar üzerine pembemsi kahverengi veya kırmızı renkte boyalarla süslenmiş geometrik motifler hakimdir, ayrıca süsleme olarak basit şeritler, iç içe açılar, zig zag motifler kullanılmıştır. Kapların çoğunluğunu fincan ve maşrapalar oluşturur, çift kulplu çömlekler kapodakya boyalıları veya Alişar III seramiği adını verebileceğimiz seramiğinde öncüleri ilk defa burada ortaya çıkmıştır. Suriye şişelerinin yerel ve ithal örneklerine rastlanılmıştır. Silindir bir mühür ele geçirilmiştir. Bu mühürün en yakın benzerine Mezopotamya da Er Hanedanlar döneminde rastlanılmıştır.